La cooperación científica entre Alemania y Colombia se fomenta activamente. De esa manera existe un acuerdo de cooperación científica entre el Ministerio Federal de Educación e Investigación. Además el Ministerio bávaro de educación a través de BAYLAT y la Asociación Colombiana de Universidades (ASCUN) en el desarrollo de alianzas e intercambio universitario. Actualmente existen 25 cooperaciones entre instituciones de educación superior bávaras y colombianas. Ejemplo de ellos es COMFENALCO en Cartagena. Así mismo en Colombia también se encuentran el Goethe-Institut, el Servicio Alemán de Intercambio Académico (DAAD), GIZ entre otras instituciones. A principios del año 2017 se fundó el Instituto Colombo-Alemán para la Paz – CAPAZ, el cual acompaña el proceso de la paz en Colombia.
