Die wissenschaftliche Kooperation zwischen Bayern und Kolumbien wird stark gefördert. So besteht zwischen dem Bayerischen Staatsministerium für Bildung und Kultus, Wissenschaft und Kunst und der kolumbianischen Forschungsförderorganisation COLCIENCIAS ein Abkommen zur wissenschaftlichen Zusammenarbeit. Außerdem fördert das bayerische Ministerium gemeinsam mit BAYLAT (Bayerisches Hochschulzentrum für Lateinamerika) und der kolumbianischen Hochschulrektorenkonferenz (ASCUN – Asociación Colombiana de Universidades) den Ausbau von Hochschulpartnerschaften.
Zurzeit bestehen 25 Kooperationen zwischen bayerischen und kolumbianischen Hochschulen. Ein Beispiel ist COMFENALCO in Cartagena. Darüber hinaus sind unter anderem das Goethe Institut, der Deutsche Akademische Austauschdienst (DAAD) und weitere Stiftungen in Kolumbien angesiedelt. Anfang 2017 wurde das deutsch-kolumbianische Friedensinstitut (Instituto Colombo-Alemán para la Paz – CAPAZ) gegründet, welches den kolumbianischen Friedensprozess begleiten soll.
