Mit über 350 Hochschulpartnerschaften bestehen viele Forschungsverbindungen zwischen den USA und Bayern auf formeller wie informeller Ebene. Im Jahr 2000 gründete Bayern beispielsweise das Bayerisch-Kalifornische Technologiezentrum, um gemeinsame Forschungsarbeit durch bayerische und kalifornische Universitäten auf dem Gebiet der Life Sciences, Umwelttechnologie, IKT und Mechatronik zu unterstützen. Fraunhofer- und Max-Planck-Institute sind ebenfalls in den USA aktiv und verschaffen sich damit Zugang zu einer größeren Bandbreite an wissenschaftlicher Erfahrung. Außerdem ermöglichen sie den bilateralen Transfer von Technologie zwischen den USA und Deutschland.